数百万年前，南极洲的某个地方，一座巨大无比的城市腾空而起，带着眩目的闪光向浩瀚的星河深处飞去，气雾腾腾，雪花四溅................
　 《星际之门：亚特兰蒂斯》是《星际之门》系列电视剧的第三部作品，使用现代化的科幻手段来重新解释和演绎广为流传的亚特兰蒂斯（大西洲）的传说这个千古之迷。
曾经，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知什么原因，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。亚特兰蒂斯的故事紧接着《星际之门：SG-1》的第七季，在Jack O‘Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来攻击地区的Goa‘uld人的舰队之后，各国合作建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、促进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中，他们发现了Ancient路开地球后所去的地方——飞马座星系。于是，为了发掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城，从而揭开了传说中的亚特兰蒂斯之迷。
　　但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Warith，他们技术先进、体格健壮，性情粗野残暴，不讲信义，而且以人类为牲畜，吸人生命。一万年前他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Warith是Ancient试验的产物！为了对抗强大的Warith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系诸星球，与飞马的原住民联系，试图找到抵御Warith的方法，经历了一次次险象环生的旅程。
　 《星际之门：亚特兰蒂斯》当前进入第三季，在以牺牲一艘战舰为代价之后，亚特兰蒂斯城的人们终于阻止了Warith入侵地球、企图把地球变成一个大屠宰场的计划，但他们仍然需要继续寻找御敌之术，但就在寻找的过程中，他们不幸又碰到了一种更先进的敌人、同样也是Ancient实验产物的Asurans，与Warith一样，Asurans也向亚特兰蒂斯发起了猛烈的进攻，只不过，这次双方力量对比更加悬殊，更加没有可比性，亚特兰蒂斯城处于危急存亡的关头...................