《我的武林男友》讲述一个古今穿梭的故事，有点现代版《寻秦记》的味道，只不过将重心放在了现代部分。故事缘起于一千年前的武林奇才少年米仓（李威饰）被阴险的师叔陆宏开（张耀扬饰）追杀，在时光隧道前，米仓跌进2004年，陆宏开则闯入2002年的世界，在现代社会两个古人又同时爱上的性格可爱直率的现代女孩cary（陈好饰），一段古今情就此展开……
　　米仓幼年时家破人亡，全都是因为走入邪路的师叔陆宏开为了强抢米仓父母所藏有的本门秘籍，决意下毒手血洗米家。幸亏米仓父亲的大师兄左无嗔赶到，将襁褓中的米仓救出，也保全了米仓父亲的秘笈。不料陆宏开逃走之前，却意外发现米仓和他一样，也是个身带'金命”、拥有称霸武林素质的人！
　　左无嗔将米仓救出之后，将他收为弟子，而左无嗔的独生女儿阿细从小就被扮成男孩模样和父亲行走江湖，也顺理成章的成了米仓的师弟。转眼两人都长成了英俊少年，左无嗔却一直未曾将米仓的身世和上一代的恩怨告诉他。但当他发现自己死期已近时，终于告知米仓这一切，不料潜伏多时的陆宏开竟在此时闯入……危急时刻，米仓和阿细遵照师父穷尽一生的推算，在满月夜里，循着烛灭之处，当真碰见了一场百年星雨，时空缺口乍然出现……